La denuncia contra Albistur fue presentada por el abogado Ricardo Monner Sans, basada en un informe especial publicado de Crítica de la Argentina que indagaba sobre el patrimonio del matrimonio Kirchner y otros nueve funcionarios. Esa presentación recayó en el juzgado federal de Daniel Rafecas, con intervención del fiscal federal Federico Delgado. Delgado pidió investigar a todos por separado y la acusación contra Enrique llegó a manos de otro magistrado federal, Norberto Oyarbide. Cuando Oyarbide tomó conocimiento de las dos denuncias paralelas contra el secretario, decidió enviarle el trámite judicial a Aráoz de Lamadrid para que siga todo en un caso.
El 19 de marzo de 2009, el juez federal Octavio Aráoz de Lamadrid, imputó a Albistur junto a su esposa y a tres de sus hijos, por el delito de enriquecimiento ilícito. La Justicia pidió informes a distintos entes para tratar de determinar el patrimonio de la familia de Enrique Albistur. Autos, propiedades, sociedades, y declaraciones de impuestos, fueron requeridas por el juez para tratar de determinar cómo se han incrementado los bienes de los Albistur.
El 2 de septiembre de 2009, Enrique Albistur fue citado a indagatoria por el juez federal subrogante Octavio Araoz de Lamadrid.
El 24 de septiembre de 2009, La Cámara Federal porteña apartó al juez causa al juez federal Octavio Aráoz de Lamadrid que había llamado a indagatoria por presunto enriquecimiento ilícito a Enrique Albistur.
Los jueces Jorge Ballestero y Eduardo Farah consideraron que Albistur podía tener “razones legítimas para dar crédito al temor de parcialidad”, pero subrayaron que ello “no quiere decir” que “el juez haya albergado la intención que esgrime la defensa al convocar al imputado a indagatoria”.
La causa continúa en manos del Juez Federal Julián Ercolini.
El 3 de abril de 2014, el juez federal Julián Ercolini ordenó un peritaje contable sobre los bienes del ex secretario de Medios Enrique Albistur y su grupo familiar por dicha causa.
El peritaje fue llevado a cabo por peritos de la Corte Suprema de Justicia de la Nación, que debieron analizar el incremento patrimonial de Albistur desde su ingreso a la función pública, en junio de 2003, hasta diciembre de 2011, dos años después de que dejara el cargo.
El Juez Ercolini resolvió que el peritaje se extienda también a Juan Ignacio, Agustina y Francisco Albistur, hijos del ex funcionario, y a su ex esposa, María de los Ángeles Díaz.
Para la realización del peritaje, los contadores de la Corte contaron con todo el material acumulado durante la investigación en el juzgado de Ercolini; entre esos papeles se encuentran todas las declaraciones patrimoniales de Albistur presentadas ante la Oficina Anticorrupción (OA) y la Administración Federal de Ingresos Públicos (AFIP). Los títulos de los autos que compró el ex funcionario durante esos años y las escrituras de sus propiedades. Los extractos de sus cuentas bancarias y de las sociedades en las que tiene o tuvo participación. Y los impuestos que pagaron las firmas en las que Albistur figura como accionista.
