En la causa Yoma se investigaban la cesión de derechos crediticios correspondientes al recupero del I.V.A. al Banco de la Nación Argentina, créditos que habían sido previamente cedidos al Banco Macro S.A. A partir de estos hechos en el año 2000 se presentó una denuncia por fraude en perjuicio de la Administración Pública contra sus directivos
El 20 de junio de 2001, la Oficina Anticorrupción (OA) pidió indagatoria a Emir, Karim y Omar Yoma y las de todos los otros miembros de los directorios de las empresas del Grupo Yoma y las de 15 ex directores del Banco Nación por defraudar al Estado en más de 87 millones de pesos.
El titular de la OA, José Massoni, hizo la presentación ante el juez federal Claudio Bonadío, a quien recordó en el escrito que "las actuaciones llevan más de seis años de trámite" y las declaraciones de los imputados "deberían llevarse a cabo en la medida de las posibilidades antes de que opere la prescripción de la acción penal".
Los ex directores de la entidad oficial en 1994 y 1996 están acusados por otorgar préstamos a empresas de la ex familia política de Menem "en condiciones de plazos y tasas de interés privilegiadas, vedadas para cualquier empresa de la República Argentina y violando todo tipo de normas internas de ese organismo financiero".
También porque permitieron al Grupo Yoma "cobrar beneficios impositivos indebidos, en supuesta connivencia con funcionario que por acción u omisión habrían incumplido funciones de control y fiscalización".
La OA pidió las indagatorias de Hugo Gaggero, Genaro Contartese, Mario Daddone y Alfredo Aldaco, directores del Nación durante la anterior gestión de Domingo Cavallo en el Ministerio de Economía y también investigados por el caso IBM-Banco Nación.
Massoni reclamó, asimismo, que declaren como sospechosos los titulares de las firmas Yoma SA, Curtidores Riojanos SA, Cone SA y La Cordial SA desde 1991 hasta 1998.
En la presentación, de 12 carillas, la OA detalló las pruebas que comprometen a los hermanos Yoma y a los ex funcionarios. El organismo planteó que resulta sugestivo que hasta antes de 1989 (cuando Menem fue elegido presidente) las empresas del grupo no tenían relación crediticia con la banca oficial. A fines de 1990 la deuda del grupo empresarial ascendía a 500.000 pesos y, a partir de allí, creció geométricamente hasta llegar a 75.000.000 en 1994.
La OA, que fue aceptada como querellante en el expediente, señaló entre otras irregularidades que el Banco Nación concedió y renovó créditos al grupo en varias oportunidades, aun cuando tenía una "calificación crediticia comprometedora", y una cuenta corriente permaneció en descubierto en forma ininterrumpida 361 días, entre 1993 y 1994, y 359, entre 1997 y 1998.
Massoni también puso al descubierto que la firma que supuestamente compraba cuero a los Yoma en Hong Kong "forma parte del mismo grupo empresarial" y habría sido constituida para cobrar reembolsos por operaciones inexistentes.
El martes 3 de junio de 2008, Emir y Alfredo Yoma fueron procesados por defraudación a la administración pública.
La decisión fue tomada por la Cámara Federal porteña que revocó así una falta de mérito con que los había beneficiado el juez federal Claudio Bonadío.
El tribunal de apelaciones ordenó además a este juez que investigue a las entonces autoridades del Banco Nación Argentina por haber avalado estos créditos sin mayores controles.
La Cámara resolvió procesar a ambos por tres hechos de defraudación en perjuicio de la administración pública" y una tentativa, ya que un cuarto crédito se frenó al detectarse irregularidades.
El 5 de junio de 2012, el Juzgado Federal N° 11 sobresee a Emir y Alfredo Yoma.
En marzo de 2014, en el Consejo de la Magistratura se discutió acerca del desempeño y la destitución del Juez Federal Bonadío, ya que en el 2011 ACIJ denunció ante el Consejo de la Magistratura al juez Claudio Bonadío por mal desempeño en su función a raíz de su accionar en dicha causa.
Cabe aclarar que Bonadío demoró más de 5 años en llamar a los imputados a declaración indagatoria. Sumado a esto, para el dictado de la sentencia de elevación a juicio se demoró 5 años más.
El 15 de agosto de 2014, la Sala IV de la Cámara Federal de Casación Penal, integrada por los jueces Gustavo M. Hornos, Juan Carlos Gemignani y Mariano Hernán Borinsky, revocó la resolución dictada por la Cámara Federal de Apelaciones de Córdoba que había confirmado los sobreseimientos por prescripción dictados por el Juzgado Federal de La Rioja respecto de Alfredo Carim Yoma y Emir Fuad Yoma.
